La primera temporada de Santos Laguna en la máxima categoría del futbol profesional mexicano, se dio en la campaña 1988-1989, bajo la dirección técnica de Carlos “La Banana” Ortiz, en forma conjunta con Diego Malta; los Guerreros se ubicaron en el lugar 18 de la tabla general, para una pésima temporada, en resultados, aunque se logró el objetivo de permanecer en la Primera División Nacional.
Para el Torneo de Liga 1989-1990, el profesor Rubén Matturano fue nombrado director técnico del equipo, el cual se ubicó en el lugar 17. Matturano había pertenecido a los Cementeros de Cruz Azul, en donde llegó a ser reconocido como uno de los mejores preparadores físicos del futbol mexicano. La presentación de Matturano Ruiz ante los medios de difusión, se dio en un ambiente de gran optimismo por parte de Luis Necochea Sagui, de los principales directivos en la joven organización.
Dramático fue el Torneo 1990-1991, debido a que Santos Laguna, por diferencia en goles anotados y recibidos, no descendió a la Segunda División, los técnicos que dirigieron el equipo fueron Rubén Matturano y el uruguayo Roberto Matosas, de buena trayectoria en el futbol mexicano, a donde llegó para ser campeón en Toluca, luego de una larga y exitosa carrera en Uruguay.
Fue en la Temporada 1991-92 cuando la directiva lagunera hizo la primera contratación de un director técnico extranjero para iniciar la temporada y la responsabilidad cayó en José de la Paz Herrera Ucles, mejor conocido como “Chelato” . El hondureño tuvo un paso efímero por la organización, debido al mal desempeño del equipo, por lo que se contrató a José Luis “El Ruso” Estrada, que a su vez dejó su sitio al ex mundialista en Inglaterra 1966, Ignacio “Gallo” Jáuregui. Pero cambios de jugadores y de directores técnicos, no cambiaron la suerte de los Guerreros, quienes en esa ocasión alcanzaron el lugar 16 de la tabla general, otra vez con la presencia muy notable de la amenaza por descender.
El argentino, Pedro Dellacha y el chileno, Pedro García Barros, se hicieron cargo de Santos Laguna en la Temporada 1992-93, se trataba de la segunda y tercera ocasión en que el club apostaba por directores técnicos extranjeros, al final se ocupó el lugar 17 de la tabla general. El conjunto lagunero logró cosas importantes en el Estadio Corona, pero los problemas se multiplicaron cuando el equipo actuaba fuera de casa, en esas circunstancias no obtenía triunfos y la amenaza del descenso seguía latente.
Ya bajo la tutela del Grupo Modelo y gracias a la intervención de José Miguel Muguerza Juaristi, se dio el despegue para el equipo, era la primera ocasión en que llegaba a una final y obtenía su primer subcampeonato, al caer en la final ante los Tecolotes de la Universidad Autónoma de Guadalajara. Después de las 38 fechas, Santos ocupó el cuarto lugar de la tabla general. Pedro García fue el director técnico que puso por primera vez en la cima del futbol mexicano.
Importante en este logro fue la participación de Martín Ibarreche Vázquez, experimentado directivo cuyas gestiones hicieron posible la llegada a la organización de gentes que mucho significarían posteriormente en la historia del equipo lagunero. Como muestra, cabe recordar que Ibarreche Vásquez trajo a Mauro Camoranesi, hecho que le valió un sinnúmero de críticas; hoy Camoransei está en el equipo más importante de Italia, con la opción de elegir la selección de Argentina o la italiana, por la que se decidió finalmente.