“Zurdo” López, Castillo y Quirarte
Al término del torneo Verano 1997, el equipo obtuvo el octavo lugar de la tabla general y siguió bajo la dirección técnica de Alfredo Tena, fue eliminado en la liguilla.
Para el Invierno 1997, Santos Laguna fue el 17, el torneo fue señalado como mediocre y Alfredo Tena continuó con la dirección técnica.
Durante el Verano de 1998, Santos Laguna se coloca en séptimo lugar general, y es eliminado en la liguilla, Alfredo Tena se mantiene como director técnico, aunque para el siguiente torneo, Miguel Ángel “Zurdo” López toma la dirección por segunda ocasión en su historia, luego de que el “Capitán Furia” presentó una lista de refuerzos muy difíciles de conseguir.
Nuevamente con Miguel Ángel López al frente y como parte de su preparación, se viaja por primera vez al extranjero y establece el campo de entrenamiento en Eslovenia, sin embargo, debido a un mal inicio de temporada el técnico argentino fue sustituido por Juan de Dios Castillo. Santos Laguna quedó en el lugar 14 de la tabla general.
Buena actuación tuvo Santos en el Verano 1999, al ubicarse en quinto lugar de la tabla, Juan de Dios Castillo se mantuvo en la dirección técnica, se logra el pase a la liguilla y se pierde en el juego de semifinal ante el Toluca, en la “Bombonera”; los aficionados seguramente recuerdan aquella expulsión considerada tonta, que sufrió Héctor “Piti” Altamirano.
De cara al Invierno 1999, Santos Laguna sufrió algunos descalabros, por lo que de nuevo quedó entre los últimos lugares de la tabla. El entonces Secretario Técnico, Fernando Quirarte, sustituye a Juan de Dios Castillo, en una polémica decisión que desagradó incluso a varios de los jugadores que entonces integraban la plantilla. José Antonio “Tato” Noriega anteriormente se había manifestado en contra de Castillo, por no ser tomado en cuenta para la alineación titular, aparentemente sin explicación alguna. Por su parte, Francisco Dávila Rodríguez, entonces presidente de la organización, diría públicamente que nunca más un directivo tendría la oportunidad de desplazar a un director técnico.
En el Verano 2000, Santos Laguna tiene un buen desempeño y se coloca entre los diez primeros de la tabla general, el equipo llega a semifinales, posteriormente se ubica en la final y obtiene su segundo sub campeonato, ahora al perder frente al Toluca.
En el Invierno de 2002, Fernando Quirarte continúa al frente, y de nueva cuenta se alcanza la liguilla, aunque ahora es Morelia el encargado de eliminar a los Guerreros, en el duelo semifinal, celebrado en el Estadio Morelos.