Durante su gestión en Pemex Refinación (enero 2003-enero 2006), Juan Bueno Torio diseñó un entramado de funcionarios, con más de 200 plazas creadas, con el objetivo de operar la asignación de contratos multimillonarios a modo en favor de empresas del ramo petrolero, algunas de familiares del propio senador panista.
La red es investigada por la PGR, la ASF y el Órgano Interno de Control de Petróleos Mexicanos. Un cruce de datos, entre documentos reservados de la paraestal, la denuncia presentada por diputados de la 59 Legislatura, que investiga la PGR, y archivos entregados por ex colaboradores de Bueno Torio, permiten identificar a los principales colaboradores del actual senador panista por Veracruz.
Carlos Gracidas Ceballos, hombre de toda la confianza de Bueno y quien lo apoyó en el manejo de las 27 empresas en las que participa o participó el panista, fue colocado en la Unidad de Administración y Finanzas de la refinería de Salamanca.
José Antonio Gómez Urquiza, subdirector de Finanzas y Administración y quien fue, además de diputado federal en la 55 Legislatura, directivo de alto nivel en las empresas Alfa, VISA y Stanhome.
El primer círculo lo completa José Becerra O’Leary, quien era su asesor en la paraestatal, pero fungió como director general de Promoción Empresarial de la Subsecretaría de la Pequeña y Mediana Empresa, fue secretario particular del gobernador de Veracruz, Patricio Chirinos, y director de operación de la coordinación de delegaciones de Sedesol en el año 2000.
La PGR y la ASF investigan sobre la asignación de contratos de Pemex Refinación, durante la gestión de Bueno Torio, a empresas ligadas a la relación de familias entre los Bueno, Torio, Ros, Porres, todas de la zona cafetalera de Córdoba, de donde es originario el senador. Entre las empresas se encuentran Transportadora y Distribuidora Isabel, que obtuvo contratos por 162 millones de pesos; Auto Tanques de México, por 62 millones, y los firmados por 21 millones con Fletera Continental de Líquidos; la primera es de Juan y Fernando Bueno Lázaro, padre y tío del senador, respectivamente; en la segunda y la tercera, su cuñado José Ortiz Ríos, esposo de Lorena Bueno, tiene participación accionaria.
La investigación incluye la lista de las más de 200 personas que ingresaron a Pemex y fueron colocadas en áreas estratégicas por Bueno Torio.
Las autoridades federales mantienen abiertas varias líneas de investigación en torno a supuestos actos de corrupción en Pemex, entre ellas, contra Bueno Torio, amigo cercano a Vicente Fox.
