La captura y desaparición de Edmundo Reyes Amaya y Gabriel Alberto Cruz Sánchez el 24 de mayo de 2007 se produjo probablemente en el marco de una movilización del Ejército y policías estatales y municipal en Oaxaca. Cuando la Comisión Nacional de los Derechos Humanos quiso averiguar el alcance de la participación militar en ese episodio, formalmente suscitado por la presencia de agentes policiacos chiapanecos, a los que antes de su identificación se consideró como un "grupo armado", la Secretaría de la Defensa Nacional rehusó colaborar con la oficina del Ombudsman nacional. Ello no obstante, entre los destinatarios de la Recomendación 07/2009, relativa a aquella desaparición, no se encuentra la autoridad castrense.
Ante un llamado de la Policía Estatal oaxaqueña, el jefe de la sección segunda del Estado Mayor de la VII Región Militar ordenó "al personal de la fuerza de reacción 'que se trasladara de inmediato al hotel
A partir de esta información, la CNDH solicitó al director general de Derechos Humanos de la Secretaría de la Defensa Nacional facilitara el que los investigadores de la Comisión entrevistaran al comandante de la VII Zona Militar, a los jefes de las secciones segunda y tercera del Estado Mayor de la propia región y al mayor que dirigió la operación. Recibió una respuesta negativa.
El director de derechos humanos de la Defensa pidió el 5 de septiembre de 2008 a la Comisión Nacional reconsiderar su solicitud, porque en su opinión "no se contempla esa posibilidad en la normatividad de la CNDH", que el funcionario militar sólo reconoce al Ministerio Público. La Comisión, al contrario, sostiene que la Constitución, su propia ley y el reglamento de la misma "confieren a este organismo nacional la facultad de efectuar todas las acciones que conforme a derecho juzgue convenientes para el mejor conocimiento del asunto, así como para que su personal, en el ejercicio de sus funciones, se presente ante cualquier oficina administrativa para comprobar cuantos datos fueren necesarios, y hacer las entrevistas personales pertinentes, sea con autoridades o con testigos, o proceder al estudio de los expedientes o documentos necesarios, máxime si se está en presencia de una investigación de violaciones graves a derechos humanos, como lo es la desaparición forzada
La Sedena no sólo evitó que la CNDH entrevistara a los funcionarios aludidos, sino que también retrasó, y con ello hizo inútil una visita de inspección al Campo Militar número Uno. Refiere la Recomendación 07 que el propio director de Derechos Humanos se mostró renuente a autorizar tal visita el 10 de agosto de 2007, "y no obstante las distintas gestiones telefónicas que se realizaron con servidores públicos de la dependencia a su cargo para que se autorizara de manera urgente dicha diligencia, no se acordó sino hasta el 13 de agosto de 2007.
"El propósito por el que se requirió la diligencia con carácter urgente obedeció a la necesidad de realizar la inspección al interior de las citadas instalaciones militares, en atención a un principio fundamental: impedir que se tocara, moviera, ocultara o alterara cualquier evidencia o indicios con el que se pudiera investigar las versiones de los quejosos y medios de comunicación respecto del internamiento en ese lugar" de los dos eperristas desaparecidos, "a efecto de que, en su caso, se implementaran las medidas correspondientes encaminadas a lograr su localización; sin embargo, no fue posible alcanzar ese objetivo en la diligencia del 13 de agosto y la segunda inspección que se realizó en idénticos términos, toda vez que las diligencias referidas se realizaron de manera extemporánea". Todavía la CNDH agrega un dato más sobre la posición castrense ante esta pesquisa: solicitó a la Sedena que informara si en las regiones, zonas o guarniciones militares se cuenta "con algún registro que permitiera ubicar el paradero de los dos agraviados.
En respuesta, "los responsables de dichos mandos territoriales, dentro de los cuales se encuentran adscritos los agentes del Ministerio Público Militar, coincidieron en señalar que no cuentan con antecedente alguno sobre dichas personas, tal y como se desprende de los 149 reportes que indistintamente suscribieron".
Lo anteriores señalamientos debieron desembocar en recomendaciones específicas a la Sedena. La CNDH, sin embargo, se abstuvo de hacerlo. Todo lo más, en las recomendaciones dirigidas a los gobiernos federal, estatal y municipal, pide "que se impartan cursos a lo funcionarios encargados de hacer cumplir la ley de sus respectivos ámbitos de gobierno para que conozcan y respeten los derechos humanos de los ciudadanos, pero no se demanda una investigación y la eventual aplicación de sanciones en quien impidió precisar la participación castrense en la operación del 24 de mayo y la inspección al Campo número Uno.
