De las seis fases finales disputadas, en cinco quedó fuera en cuartos de final, mientras que en el Apertura 2006 fue marginado del repechaje.
Los Jaguares de Chiapas no han tenido suerte en Liguilla. De las seis fases finales disputadas, en cinco quedó fuera en cuartos de final, mientras que en el Apertura 2006 fue marginado del repechaje.
En el Clausura 2004 cayó ante la Máquina de Cruz Azul; en el Clausura 2006 no pudo con las Chivas del Guadalajara; en el Apertura del mismo año, a Toluca le tocó ser el victimario; en el Clausura 2008, sucumbió nuevamente con los cementeros; en el Clausura 2009, fue eliminado por Pachuca, mientras que en el Apertura 2010, no pudo con Santos Laguna.
En 12 partidos de fases final, cuenta con tan sólo tres victorias por dos empates y siete descalabros. Logró 13 goles y recibió 21.
José Guadalupe Cruz encarará su sexta liguilla, tercera con Jaguares. En tres ocasiones disputó esta instancia con los Potros del Atlante. En el Apertura 2007 conquistó el título con el cuadro azulgrana.
