Jonathan Larson nació a Allan y Nanette Larson en Mount Vernon, Nueva York, el 4 de febrero de 1960, en White Plains, Nueva York, en el Condado de Westchester en una familia judía.
Desde pequeño lo expusieron a las artes escénicas, música y teatro. Tocó la trompeta y la tuba en la banda de su escuela secundaria, participó en el coro de su escuela y tomó clases de piano formales.
Sus primeras influencias musicales fueron Elton John y Billy Joel, así como los compositores clásicos de teatro, especialmente de Stephen Sondheim y “Jesucristo Superstar”.
Larson también era considerado un gran actor en la escuela secundaria, en los papeles principales en varias producciones en la escuela secundaria de White Plains.
Larson fue a la Universidad Adelphi en Garden City, Long Island, con una beca de cuatro años como un comandante interino.
Además de realizar en numerosas obras de teatro y musicales durante la Universidad, empezó a componer música, primero para producciones pequeñas estudiante y más tarde la partitura para un musical titulado "Libro de Buen Amor", escrita por el jefe de Departamento, Jacques Burdick, que funcionó como mentor de Larson.
Después de graduarse con una licenciatura en Bellas Artes, participó en un programa de teatro de acción de verano en Augusta, Michigan, como un jugador del piano, el resultado de las cuales fue la ganancia de una tarjeta de equidad para ser miembro de la Asociación de la equidad de los actores.
Larson se trasladó a un loft sin calor en el quinto piso de un edificio en la esquina de la calle Greenwich y Spring Street de Manhattan. Sus propios amigos, que vivía en una situación dura demasiado, siempre describen su apartamento como el peor de todos ellos.
Hace unos 10 años trabajó como camarero en el Moondance Diner durante los fines de semana y trabajó en la composición y escritura musicales durante los días laborables.
En la cena Larson conoció más tarde a Jesse L. Martin, quien fue su alumno de espera y realizaron el papel de “Tom Collins”, del reparto original de “Alquiler”.
Uno de los mejores musicales de Larson es “Tick, Tick...BOOM!”, donde escribe sobre un camarero, actividad que realizó. Algunos dicen que fue casi una autobiografía.
Durante las actuaciones de este musical, conoció a Stephen Sondheim, que más tarde le ayudaría a producir “Alquiler” y cuyo nombre se menciona incluso en la canción "La Vie Bohème”.
En la noche del ensayo final, antes del estreno de “Alquiler”, Jonathan Larson, murió de manera repentina de un aneurisma de Marfan Syndrom. Eran 10 días antes de su cumpleaños número 36, por lo que Larson nunca llegó a ver su obra en Broadway.
Después de su muerte, ganó dos premios Tony en 1996 en "Alquiler": como Mejor Libro (Musical) y Mejor Banda Sonora Musical, Letra y Música.