En los últimos años ha sido recurrente la proliferación de "narco laboratorios" en Baja California, según informes de la Secretaría de la Defensa Nacional y la Secretaría de Seguridad Pública fueron desmantelados unos 24 durante un período de tres años.
En colonias lujosas, otras localizadas en la periferia de la ciudad, decenas de casas han albergado en sus sótanos laboratorios clandestinos de droga donde se fabrican grandes cantidades de metanfetamina y heroína; se ha documentado, incluso, la participación de menores de edad.
Según la solicitud de información 131583 durante 2010 fueron descubiertos ocho laboratorios clandestinos de droga, la mayoría de ellos localizados en el puerto de Ensenada. Durante 2011 fueron desmantelados seis "narcolaboratorios", todos en Tijuana.
Para 2012 la cifra volvería a aumentar, siete laboratorios desmantelados en Tijuana y la capital de Baja California, Mexicali.
