Los volúmenes de almacenamiento de agua en la presa El Palmito tienen varias interpretaciones que conviene aclarar y precisar.
Los niveles de control son: (a) la corona de la cortina en la elevación 1,635 metros sobre el nivel del mar (m.s.n.m.), que es la parte superior de la cortina o dique de contención de agua en el cauce del río Nazas, (b) la cresta del vertedor de demasías en la elevación 1,617.45 m.s.n.m. que representa un almacenamiento para el riego agrícola de 2,585 millones de metros cúbicos (Mm3) y que coincide con el extremo inferior de las compuertas radiales, (c) el nivel de aguas máximas ordinarias (NAMO) en la cota 1,620.19 m.s.n.m. con un volumen de 2,958 Mm3, que corresponde al control de avenidas con las compuertas radiales cerradas a 4.25 m debajo del extremo superior de las compuertas donde se podría retener hasta un volumen de 3,336 Mm3 y (d) El nivel de aguas máximas extraordinarias (NAME) en la cota 1,632 m.s.n.m. que corresponde a un volumen temporal de 4,278 Mm3 y está a 3.0 m debajo de la corona de la cortina.
Este año 2017 antes del inicio del ciclo agrícola había un almacenamiento en la presa de 2,962 Mm3 equivalente al 100% del NAMO y se autorizó para el riego la extracción de un volumen de 1,050 Mm3, por lo que al final del período de riego en julio cuando se cierren los túneles de la obra de toma, el almacenamiento será de 1,910 Mm3. Si en promedio cada año la presa recibe aportaciones del orden de 1,200 Mm3, es de esperarse que se llene nuevamente la presa El Palmito con 3,110 Mm3. Actualmente El Palmito tiene un almacenamiento de 2,130 Mm3, que representa el 72% del volumen en el NAMO.
Entonces, se dice que la presa está llena al 100% cuando el nivel del agua llega al NAMO, pero esto no quiere decir que ya no se pueda seguir almacenando agua, aunque sea temporalmente, teniendo las compuertas radiales cerradas hasta llegar a su extremo superior con un volumen de 3,336 Mm3.
La apertura o cierre de las compuertas radiales en el vertedor de demasías depende de los volúmenes de agua almacenados con relación al NAMO, el inicio y terminación de la temporada de lluvias y las condiciones meteorológicas en las costas de México en el océano Pacífico. Si en agosto o septiembre se llena la presa, se tendrá que desfogar el agua excedente provocando una avenida extraordinaria en el río.
En el cauce del río Nazas se pueden transitar flujos en condiciones normales de riego entre 100 a 150 m3/s sin provocar ningún daño a las comunidades y tierras de cultivo aledañas. Los túneles de las obras de toma para riego pueden desfogar hasta 250 m3/s y el vertedor de demasías puede descargar hasta 2,570 m3/s con las compuertas radiales completamente abiertas. El cauce seco del río Nazas en la zona conurbada tiene una capacidad de flujo de 500 m3/s en el canal central conocido como de "estiaje" y de 1,750 m3/s en todo el ancho del cauce.
