El día veinticinco de julio de 1598, Fray Agustín de Espinoza y el capitán Antón Martín Zapata, quienes fueron los encargados de la evangelización de los indios zapotecos y laguneros, mismos que al enterarse de los ricos yacimientos minerales ubicados en territorio mapimico, se dirigieron a tal lugar llegando al mismo en la fecha mencionada, siendo la misma la celebración de Santiago Apóstol, razón por la cual se bautizó a tal lugar como Santiago de Mapimí en honor del santo patrono de la nación española.
El día de la fundación del poblado de Santiago de Mapimí, Fray Juan Agustín de Espinoza celebró en una capilla improvisada una misa, siendo este lugar el sitio en donde actualmente se encuentra el templo de Santiago Apóstol. Se ha afirmado que en la fundación participaron más de cien familias compuestas principalmente por españoles y según algunas versiones por algunos tlaxcaltecas, todos venían de Saltillo, afirmándose que desde un principio la actividad predominante en Mapimí fue la minería.
El poblado establecido al pie del Cerro del Mapeme, iniciando sus pobladores la explotación minera en las minas llamadas Vicente Jalapa y San Ignacio, extrayendo oro, plata y plomo, lo que hizo famoso a Mapimí y trajo como consecuencia el establecimiento de primitivas fundidoras. Cincuenta años después de la fundación de Mapimí, este sufrió la primera de las tres grandes invasiones por parte de los indios bárbaros, esto en el año de 1648, destruyendo parcialmente el poblado, lo que fue inmediatamente superado por los habitantes de Mapimí.
La segunda destrucción del poblado de referencia fue realizada por indios bárbaros Tarahumaras, procedentes del norte, arrasando al pueblo de Mapimí, así como a la misión de los cinco señores (nazas) y San Juan de Costa, hoy León Guzmán, afortunadamente todos estos poblados lograron reponerse, rehabilitando las construcciones y sobre todo volviendo a su vida normal, principalmente Mapimí (cerro alto), lo que nos da una idea de estas personas laguneras.
El jueves santo de 1715, Mapimí sufrió su tercera depredación de parte de los indios bárbaros, particularmente los Cocoyomes y Tobosos, que incendiaron el poblado lagunero, llevándose quienes peregrinaban ese día la imagen de Cristo crucificado, la que depositaron en la Parroquia de Cuencamé, siendo venerada hoy como El señor de Mapimí. Lo anterior dio lugar al establecimiento de un presidio militar, en donde se acuartelaba a un grupo de soldados para repeler a los indios, esto sucedía en el año de 1720 y a partir de tal año, Mapimí volvió a florecer, elevándola a la categoría de Villa.
